婴幼儿配方奶粉的加工工艺则更为讲究和严谨，需要在生产过程中添加乳清蛋白粉、乳糖、DHA、核苷酸、维生素和矿物质等营养成分，使其尽可能接近母乳，以满足婴幼儿消化吸收和营养需求。牛奶变成奶粉这一漫长的产业链中，任何一个环节监管不力，工艺设备落后，都有可能导致奶粉的质量和安全问题。在鲜奶验收环节，原料奶的营养指标、卫生指标和质量控制措施非常重要。南庆贤说，比如说牛体和牛场的卫生问题管理，饲料的营养和安全，挤奶设施的清洁消毒，规范挤奶等等，都是挂一漏万的环节。挤奶完用净乳机除杂后，需要及时冷却降温，避免微生物在牛奶中繁殖，造成原奶腐败。鲜奶的储存时间不可能过长，以免嗜冷菌大量繁殖，分解蛋白质。　　
　　随后是在乳品加工厂的配料，配料工序非常容易引起质量和安全问题：辅料卫生质量（在运输、贮藏中因防护不当，受到细菌、霉菌及鼠虫污染，产生毒素、致病菌，对人体产生危害）;营养素过量（一些微量元素、脂溶性维生素含量超标可能对人体产生危害）;辅料融化效果（如果溶解不彻底则在后续的过滤和净乳中被甩出，影响产品营养指标）。
　　对于奶中的添加物、辅料等，需要在进厂后经过严格检验（含理化和卫生指标）。在使用前配料员对每袋料进行感观检查（结块、霉变、有异味、色变的拒绝使用）;微量元素检查（小辅料由化验室准确计量后按配比发放）;保证辅料的化料效果（要有化料罐、高速搅拌等。乳清粉、糊精粉、乳清蛋白粉，可按粉水=6:1直接在化料罐中溶化，水温40℃-50℃，对于难溶的如大豆蛋白，则要延长溶解时间，使其充分溶解）;保证料液与原料奶混合均匀（在定位罐中）。
　　因为油水分离的物理特性，在均质化过程中，需要防止脂肪上浮、防止奶粉中脂肪分子游离到颗粒表面。而经过冷却、暂存后，在杀菌、浓缩工序容易出现的质量问题有：杀菌不彻底造成浓奶细菌总数过高，导致最终产品微生物超标；设备清洗不彻底，污染产品；设备故障，如物料泵冷却密封水漏进奶中、加热蒸汽漏进奶中等，均易导致产品大肠菌和杂质超标；奶浓度低，导致奶粉颗粒小，影响冲调性。高温杀毒、清洗后，需要进行喷雾干燥，接粉、筛粉、贮粉、包装、设备清洗等最后的环节。